Auch wenn die Adam-von-Trott-Schule ab Jahrgang 7 in Schulzweige gegliedert ist, finden viele Veranstaltungen zweigübergreifend in den Jahrgängen statt, zum Beispiel Klassenfahrten oder die regelmäßig stattfindenden Präventionsangebote. 

Dabei ist jeweils für zwei Jahrgänge eine Stufenleiterin mit der pädagogischen Koordination und Organisation betraut, sie ist nach der Klassenleitung die nächste kompetente Ansprechpartnerin. 
Für die Jahrgänge 5 und 6 ist Oberstudienrätin Kathleen Rhein verantwortlich, für die Jahrgänge 7 und 8 Rektorin Sabrina Schmauch und für die Jahrgänge 9 und 10 Rektorin Yvonne Simon. Die Oberstufe managt Studienleiterin Franziska Wenzel. 

Die stellvertretende Schulleiterin Maren Rudolph ist u.a. für den Stunden- und Vertretungsplan zuständig, für alle übergreifenden Belange ist Schulleiter Oliver Methe vor Ort.