Mit den Leistungskursen wählen die Schülerinnen und Schüler auch ihre Tutoren, die in den beiden letzten Schuljahren die Aufgaben eines Klassenleiters wahrnehmen.
In der Qualifikationsphase findet der Unterricht in Kursen, also wechselnden Lerngruppen statt. Anspruch der Adam-von-Trott-Schule ist es, eine möglichst große Zahl an Kombinationsmöglichkeiten im Leistungskursbereich sowie eine große Anzahl von Grundkursfächern zu gewährleisten.
Laut Verordnung zur gymnasialen Oberstufe muss in diesen Jahrgangsstufen jeweils mindestens ein fachübergreifendes und fächerverbindendes Angebot ausgewiesen werden. Die Adam-von-Trott-Schule kann auf einen großen Erfahrungsschatz an solchen Projekten zurückgreifen.
Ein Schwerpunkt wird in der Q1- / Q2-Phase auf das Methodenlernen und auf die Einführung in wissenschaftspropädeutisches Arbeiten gelegt.
Eine in zwei Teilen abgehaltene Studienwoche, die teilweise während der Studienfahrt der Q3-Phase stattfindet, ist als erster Schritt in diese Richtung Bestandteil des Schulcurriculums.
Zu Beginn der Q3-Phase wird eine Studienfahrt durchgeführt, die einen Bezug zum Unterricht und Projektcharakter haben muss.
Die gymnasiale Oberstufe endet mit dem Ablegen der Abiturprüfung, die aus einem schriftlichen Teil mit landesweit einheitlichen Aufgaben in drei Fächern und einem mündlichen Teil mit Prüfungen in zwei weiteren Fächern besteht.